JALグループは2003年度の国内線について、JALエクスプレスを含む日本航空(JL)と日本エアシステム(JD)の両社が乗り入れている地点を、JLまたはJDのどちらか一方が乗り入れるという基本方針を決定した。これにより利便性と効率性を改善する。既に2002年度下期において女満別、とかち帯広路線の運航をJDに統一しているが、2003年4月からさらに重複地点の整理を進め、現在19ある重複乗り入れ地点のうち9地点の発着便をJLまたはJDの一方に統一する。ただし、具体的な路線、便数、ダイヤは来年1月までに決定する予定。対象地点は以下の通り。

JLの運営：小松、那覇
JDの運営：秋田、広島、高知、熊本、長崎、宮崎、鹿児島