スカイマークエアラインズ（BC）の平成18年3月期（平成17年4月1日〜平成18年3月31日）決算は売上高356億9400万円、営業損益18億7000万円、経常損益11億6900万円、当期純損益7億100万円となった。今期は東京／福岡線、東京／鹿児島線、東京／徳島線、東京／関西線を通期で運航、東京／神戸線に2月から、また夏期に東京／沖縄線を運航した。今期についての搭乗実績は福岡線で68％で最も高い数値であったが、撤退した鹿児島線は57％、徳島線は42％、関西線は31％と厳しい状況が改めて浮き彫りとなった。

　また、安全運航面でも国土交通省から3月14日付けで「厳重注意」を受け、管理体制を確立しながら、需要の厚い東京／福岡線、東京／神戸線、東京／札幌線の1日56便体制で運航する。これにより、BCでは収益の大幅改善を見込んでおり、原油高騰に伴う費用の増加は避けられないものの、抑制に努める、としている。なお、業績予想は売上高458億円、経常利益14億円、当期純利益13億円を見込んでいる。