国土交通省は4月13日、スカイマーク（BC）に対して社内の整備規定で定める整備作業を期限内に行わず、この事実を認識後も運航を継続した事例を受けてBCに厳重注意を行った。航空局は4月5日、BCからの報告を受けて事実関係を確認のため立入検査を実施。整備管理の徹底が見られず、事案判明後も必要な整備作業を行わずに運航を行った点について、航空機安全課長から同社整備本部長に対して厳重注意を行い、原因究明、および是正措置について報告を求めた。

　相当事例は3件、4機で判明し、そのうち2件、3機については認識後も運航。まず1機は3月23日夜、主翼前縁高揚力装置のギアボックスの油量点検を規定から11ヶ月超過していたことが判明、当日の夜間作業で当該点検を実施した。また、もう1機は3月27日夜、主翼前縁高揚力装置のギアボックスにあるブレーキの機能検査を4ヶ月超過、判明後に13便運航し、29日の夜間作業で検査を実施。さらにもう2機では3月27日夜、機内調理室の冷却装置用空気取り込み部フィルターの洗浄作業をそれぞれ2年8ヶ月、および11ヶ月超過していたことが判明した後、合計11便を運航、28日夜に当該洗浄作業を行った。

　これらは整備規定附属書、および作業手順書の管理に不備があり、整備規定附属書で定められた整備作業が規定に従って実施されていなかったという。BCは判明した後も、主翼前縁高揚力装置のギアボックスにあるブレーキの機能検査の事例については、製造者の定める点検期限を超えていない、機内調理室の冷却装置用空気取り込み部フィルターの洗浄作業の事例では機内調理室であり安全性への影響が小さいなどと判断し、必要な整備作業を実施しないまま運航。これが整備規定附属書に違反するとして、厳重注意を行った。