国土交通省は日本航空(JL)と日本エアシステム(JD)の統合後の事業再構築計画を産業活力再生特別措置法に定める認定要件を満たすものと認めた。これにより、持株会社である日本航空システム株式会社（10月2日設立、資本金1000億円）は設立時の登録免許税の軽減の特例（0.7％から0.15％に軽減、今回の場合5.5億円の軽減）を受ける。
　両社が8月28日付けで提出した「事業再構築計画」には重複部分の解消による効率化、各種投資、調達必要資金を大幅に抑制することでグローバル競争に耐えうる事業基盤の確保などが盛り込まれている。具体的には平成17年度に平成13年度の自己資本当期利益を30ポイント向上させる数値目標の達成のため、ネットワークの拡充と統合の効果から事業再構築を実行していくとして、特に他社が独占している路線に競争力ある便数で積極的に参入し、便数が少ない路線は増便によって新規需要を開拓する。また、航空機の有効的活用で機材費や整備費など投資の圧縮、および人員の効率的活用で人件費を圧縮する。平成14年10月2日の見込み従業員数2万1300人から平成17年3月末には1万9500人へと圧縮するが、これに伴う解雇はない。なお、将来的にはスケールメリットによる航空機導入のコスト削減を図る。