日本航空（JL）、ガルーダ・インドネシア航空（GA）はバリ島での事件に関連し、運休、または機材調整をする。JLは東京／ジャカルタ線、東京／デンパサール線の2路線をそれぞれ週7便で運航。11月21日から12月21日の期間についてデンパサール線を運休、ジャカルタ線を経路変更し、東京、ジャカルタ、デンパサール、東京の順で三角運航とする。また、大阪／デンパサール線については10月30日から11月10日まで一部運休とし、11月21日から12月21日については現状の週7便を週3便に減便する。
　GAは使用機材を変更する。10月26日発のデンパサール発便から12月21日まで、現行のボーイング747-400型機からエアバスA330型機へと変更する。この機材変更に伴い、ビジネスクラス42席、エコノミークラス251席の設定となる。なお、両社とも一時的な措置としている。