国土交通省は西日本旅客鉄道の脱線事故に関連し、3月末に安全総点検の緊急実施を指示した書面を改めて航空、鉄道、船舶など運輸関連事業者、団体に通達を発した。通達は国土交通大臣名で「機会あるごとに注意喚起してきた・・・（略）・・・が、・・・（略）・・・事故が発生したことは誠に遺憾」で、ゴールデンウィークの多客期に向け「利用者の信頼確保に万全を期すため、改めてテロ対策を含む安全対策の徹底を図られたい」としている。また、本社の安全担当責任者が直接、現場に赴いて安全性の確認を行う旨を記し、強い指示となっている。