文部科学省児童生徒課が取りまとめた調査によると、新型インフルエンザの影響で国内修学旅行を延期した教育機関のうち、キャンセル料が発生したのは、6月30日現在で全体の11.2％となる363校となった。これは全国の公立の小学校、中学校、高等学校、中等教育学校、特別支援学校を対象に実施したもの。5月、6月出発で実施予定だった学校は1万4801校で、予定通り実施したのは77.8％にあたる1万1521校、実施済みを含めて延期したのは22.0％の3250校、中止を決定したのは5校だった。延期した学校でキャンセル料が発生した363校のうち、自治体が負担したのは49.0％の178校、調整中としたのは34.7％の126校、保護者負担としたのは16.3％の59校となった。

　キャンセル料としては、旅行業者が請求した取消料や、時期や旅行先を変更することにともなう宿泊料の差額、航空運賃早割取消し手数料、払戻し対象外となった見学料、入場料、体験活動費などが対象となった。キャンセル料が発生しなかったのは、早めに延期を決定しキャンセル料が発生しなかった場合や、中止ではなく延期した場合、教育委員会などの要請にもとづく延期の場合など。なお、修学旅行を延期した、もしくは検討中の学校が再実施する際の制約になった事例として、追加料金が発生しないような日程や旅行先の調整、必要な宿泊施設の確保、今後また新型インフルエンザなどが発生した場合にかかる費用の負担などが挙がった。

　キャンセル料を負担した自治体は118で、負担額は1億7395万2320円であった。このうち、政府が新型インフルエンザで発生したキャンセル料の補填を認めた「地域活性化・経済危機対策臨時交付金」を申請した自治体は55で、金額は1億2859万8893円にのぼった。また、臨時交付金以外で手当てした自治体は63で、4535万3427円を負担した。