国土交通省航空局長の鈴木久泰氏は、スカイマーク（BC）がパイロット2名の退職で、6月中に片道ベースで合計168便を運休することについて、「もう少し余裕のある体制で運航するべき」とコメントした。鈴木氏は、パイロット不足には理解を示したものの、「2名が退職して全路線の約1割が運休というのは情けない」とし、自社便や他社便への振り替えなど事後の対応も「あまりうまくない」と言及。パイロット確保の見通しは立っておらず、7月以降にも影響が出る可能性があることから、鈴木氏は夏の繁忙期に懸念を表した。BCでは6月9日現在、通常通り7月以降の予約を受け付けており、10日に開催する記者会見で詳細を発表するとしている。国交省では、定期的に実施している立ち入り検査などにより、「今後も指導を続け、消費者の不利益を最小限にし、今後の見通しも早めに知らせるようにしたい」（鈴木氏）考えだ。

　また、スカイネットアジア航空（6J）による航空身体検査証明の不適切な取得についても、国交省が5月29日と30日に立ち入り検査を実施しており、今後も「引き続き定期監査などで指導していく」との考えを示した。